Na početku sezone 2008/09. u kvalifikacijama za Ligu šampiona žrijeb u Nionu je spojio Modriču i Dinamo iz Tirane. U prvom susretu, koji je odigran u glavnom gradu Albanije, klub iz Posavine je slavio sa 2:0, a strijelci za Modriču bili su Miljković i Stokić.
I u revanš susretu, koji je odigran na stadionu Bilino polje u Zenici, Modriča je slavila, ovog puta sa 2:1, a golove su postigli Vasiljević i Bojić.
Tako su fudbaleri Modriče izborili plasman u drugo kolo, a tamo ih je zaustavio danski Alborg. U oba susreta prvak Danske je slavio pobjede, i to 5:0 na svom terenu i 2:1 u Zenici.
Modriča nije jedini klub iz Republike Srpske koji je preskočio jednu prepreku u kvalifikacijama za Ligu šampiona. To je za rukom pošlo i Leotaru, koji je na početku sezone 2003/04. eliminisao šampiona Luksemburga, Grevenmaher. U Trebinju je bilo 2:0, dok su u Luksemburgu mreže mirovale.
Te sezone šampion BiH, Leotar, zaustavljen je u drugom kolu, a bolja je bila Slavija iz Praga sa dvije pobjede, i to 2:0 u Pragu i 2:1 u revanšu.